Od kiedy stolica Polski została przeniesiona do Warszawy (1596 r.), kolegiata św. Jana Chrzciciela była kościołem królewskim, w którym modlili się kolejni władcy polscy.

Po śmierci ostatniego księcia mazowieckiego opiekę nad świątynią kolegiacką objął król Zygmunt Stary i królowa Bona, a później Anna Jagiellonka, żona Stefana Batorego. Pod Krzyżem Baryczkowskim polscy władcy prosili, a później dziękowali za odniesione zwycięstwa. Jan III Sobieski po powrocie spod Wiednia zawiesił w świątyni chorągiew Mahometa i ufundował stalle kanonickie.