Obecność relikwii wiernej uczennicy Jezusa, która była pierwszym świadkiem Jego zmartwychwstania, uczyniła tę miejscowość jednym z ważniejszych punktów pielgrzymkowych na szlaku do Santiago de Compostela. Położona jest u podnóża pasma górskiego Morvan. Znajduje się tu średniowieczny kościół w stylu romańskim poświęcony św. Marii Magdalenie. Od XI wieku Vézelay jest jednym z kluczowych ośrodków pielgrzymkowych w środkowej Francji.

Według biblijnej relacji, św. Maria Magdalena pochodziła z Magdali nad Jeziorem Galilejskim, miejsca położonego ok. 4 km na północny zachód od Tyberiady. W Ewangelii według św. Łukasza jest opisana jako kobieta, z której Jezus wypędził siedem złych duchów (por. Łk 8, 2), a która stała się potem jedną z jego wiernych uczennic. Ewangelista Jan napisał, że była ona obecna podczas ukrzyżowania, śmierci Jezusa (por. J 19, 25), Jego zdjęcia z krzyża i pogrzebu. Była jedną z trzech niewiast, które udały się do grobu, aby namaścić olejami ciało Zbawiciela. To nikt inny, tylko św. Maria Magdalena opowiedziała Apostołom o tym, że Chrystus żyje (por. Mk 16, 10; J 20, 18).

Tradycja przekazuje, że ostatnie lata swojego życia spędziła jako pustelnica w jaskini w regionie Sainte-Baume w Prowansji. Pochowana zaś została w Vézelay.

Są różne opowieści mówiące o tym, jak znaleziono ciało św. Marii Magdaleny. Jedna z nich mówi, że natrafiono na nie w starym domu, a później przeniesiono je do innych miejsc, m.in. do Konstantynopola. Inna wspomina, że kiedy znaleziono jej zwłoki, wydobywał się z nich piękny zapach.

Istnieje teoria, w świetle której relikwie św. Marii Magdaleny przybyły do Prowansji z Konstantynopola między VIII a IX wiekiem i były przechowywane w klasztorze prowansalskich dominikanów. Kiedy jednak Prowansję zaczęli najeżdżać Arabowie, w progu świątyni w Vézelay stanął jeden z mnichów, który oświadczył, że w specjalnej skrzynce, którą trzyma w dłoniach, znajdują się szczątki św. Marii Magdaleny.

Mieszkańcy miejscowości mieli zaopiekować się relikwią i podjąć starania o wybudowanie świątyni.

W 873 r. z inicjatywy francuskiego arystokraty Girarda II z Vienne powstał pierwszy klasztor. Niestety, został on zdobyty i zniszczony przez Normanów. Z czasem go odbudowano, a na wzgórzu powstało kolejne opactwo.

W XI wieku szczątki św. Marii Magdaleny zostały przez papieża uznane za autentyczne. Opaci rozpoczęli w Vézelay budowę bazyliki, skąd już w średniowieczu wyruszały liczne pielgrzymki udające się do grobu św. Jakuba w Santiago de Compostela.

Przez wiele lat gospodarzami tego miejsca byli mnisi. W 1659 r. budowlę splądrowali hugenoci. Podczas rewolucji francuskiej zostały zniszczone posągi w portalach kościoła. Świątynię strawił też pożar. W latach 1840-59 podjęto decyzję o odbudowie budynku. W 1920 r. kościół zyskał miano bazyliki. Po II wojnie światowej zamieszkiwali tu benedyktyni. W 1953 r. ich miejsce zajęli franciszkanie, którzy pozostawali w klasztorze przez 40 lat.

Obecnie klasztor zamieszkują mnisi należący do Monastycznych Wspólnot Jerozolimskich.

Bazylika św. Marii Magdaleny została w 1979 r. wpisana na Listę światowego dziedzictwa UNESCO.