Przyszedł na świat w 1916 r. jako najstarszy z sześciorga rodzeństwa, we wsi Szałas, gdzie ojciec był gajowym. Rodzina kilkakrotnie się przeprowadzała, ostatecznie osiadając we Wzdole. Stefan wraz z młodszym bratem Stanisławem uczyli się w szkole podstawowej w Bodzentynie. Panująca tam atmosfera patriotyzmu i motywacji do nauki kształtowała obu przyszłych partyzantów. Wspomina ich siostra Pelagia Barwicka: „W szkole było bardzo rozwinięte harcerstwo, do którego obydwaj bracia od najmłodszych lat należeli. Jestem młodsza od Stefana o niespełna 7 lat i nie pamiętam go - jak również młodszego brata - inaczej ubranych, jak tylko w mundurkach harcerskich, później w wojskowych. Cały czas, do dzisiaj, prześladują mnie śpiewane wówczas przez nich piosenki i powtarzające się często w rozmowach nazwisko ich nauczyciela - harcmistrza pana Pyzika - jako największego autorytetu”.
Uzdolniony muzycznie i plastycznie Stefan z racji braku odpowiednich funduszy nie bardzo mógł kontynuować naukę w kierunku artystycznym. Jednak po ukończeniu szkoły powszechnej zarówno Stefan, jak i Stanisław zostali elewami orkiestry wojskowej 4. Pułku Piechoty Legionów w Kielcach. Stefan grał na klarnecie i szczególnie poszukiwanym fagocie. Z orkiestry został przeniesiony do obowiązkowej służby wojskowej, a później do szkoły podoficerskiej II dywizji IV P.P. Legionów. Miał ją ukończyć w listopadzie 1939 r., czemu przeszkodził wybuch wojny we wrześniu...
Bracia Fąfarowie zostali skierowani na front wojenny w okolicach Warszawy: Stefan w stopniu kaprala, Stanisław jako szeregowy. W bitwie pod Ołtarzewem z 13 na 14 września 1939 r. poległ Stanisław, a Stefan został ciężko ranny. Z pomocą sióstr zakonnych, prowadzących szpital w Działdowie, uciekł na krótko przed zajęciem szpitala przez hitlerowców. Zmaltretowany i chory, z niewyleczoną raną postrzałową, w listopadzie 1939 r. wrócił do domu. Szybko nawiązał kontakty konspiracyjne z ludźmi z wojska, „bezterminowo urlopowanymi” - jak mawiał. Stefan Fąfara znalazł się w słynnej „ósemce” wojskowych, przygotowujących partyzantów Kielecczyzny do utworzenia oddziału „Barabasza” (w lutym 1943 r.). Wiosną oddział otrzymał nazwę „Wybranieccy” - jako przeznaczony do szczególnych akcji dywersyjnych (które miał na swym koncie w dużej liczbie).
W międzyczasie „Dan” prowadził działalność konspiracyjno-rozpoznawczą, m.in. na terenie Skarżyska, ale o szczegółach tej pracy wiedziało niewielu. Prawie wcale nie utrzymywał wówczas kontaktu z rodziną. Ostatnie spotkanie z najbliższymi miało miejsce w listopadzie 1944 r., na krótko przed jego aresztowaniem w Dolinie Wilkowskiej. Przygnębiony, chory nie postrzegał optymistycznie zbliżającego się „wyzwolenia”. Miał przy sobie kenkartę na nazwisko Stefan Faust, aby móc za kilka dni podjąć pracę w Kielcach. Wkrótce po obławie w Wilkowie rozeszła się wiadomość o aresztowaniu kilku partyzantów z „Wybranieckich”, m.in. „Dana”. Choć najbliżsi wciąż wierzyli, że Stefan - jako Faust pracuje w Kielcach, w kilka miesięcy później została potwierdzona wiadomość o jego wywiezieniu do obozu koncentracyjnego Gross-Rosen. Ostatnia informacja stamtąd, datowana na 17 grudnia 1944 r., pisana przez Stefana Fąfarę (figurującego w obozie jako Stefan Faust) dotarła do rodziców dopiero po kilku latach.
Rodzina poszukująca śladów „Dana” w Gross-Rosen stwierdziła, że figuruje on na liście więźniów przekazanych do Mittelbau. Z kolei ze skąpych źródeł historycznych, książek i relacji wynika, że „Dan” i aresztowany z nim „Karp” uczestniczyli w tzw. wielkiej ucieczce z Gross-Rosen. Być może przekazanie do drugiego obozu miało miejsce potem... - „Aż skóra cierpnie, gdy się czyta o torturach i mękach, jakim uczestnicy ucieczki byli poddawani” - mówi siostra partyzanta.
5 stycznia 1945 r. został w środowisku „Wybranieckich” przyjęty jako data śmierci „Dana” - obecnie w stopniu porucznika, odznaczonego m.in. krzyżem zasługi.