Prastara parafia w Łoniowie przechodziła różne koleje losu. Jej dzieje sięgają początków XIV stulecia. Z Monumentów Theinera wiadomo, że w 1326 r. plebanem był tu ks. Jan. Według Długosza, murowany kościół św. Mikołaja stał już w 1440 r., kiedy właścicielem wsi był Jan Wnorowski herbu Strzegonia. Świątynia była jednonawowa, bez określonego stylu, zbudowana w formie krzyża.
W źródłach historycznych zachował się opis sporu, jaki wiedli przez lata kolejni dziedzice łoniowskich włości z cystersami z pobliskiej Koprzywnicy. Chodziło o dzielące obie miejscowości lasy skrzypaczowskie. Mikołaj Gniewosz z Łoniowa sądził się o nie z klasztorem i sprawę przegrał, ale spór mimo to nie ustał. Dopiero kiedy w 1553 r. opat Mikołaj Rymanowicz zrzekł się praw do lasu, rezerwując sobie „wolny wyrąb i pastwisko”, ciągnący się w nieskończoność zatarg udało się załagodzić.
Potomek Mikołaja Gniewosza - Paweł był wyznawcą kalwinizmu. Za jego sprawą kościół w Łoniowie zamieniony został na zbór. Taką funkcję pełnił przez 20 lat. Dopiero w 1589 r. Marcin Gniewosz, również protestant, który jednak za namową żony powrócił na łono katolicyzmu, świątynię odnowił i oddał wiernym. W 1633 r. bp Tomasz Oborski z Krakowa poświęcił ją uroczyście i konsekrował przy tym trzy ołtarze: św. Mikołaja, Zwiastowania Matki Bożej i św. Urszuli.
W 1744 r. właścicielem Łoniowa został Jan Bukowski, generał wojsk koronnych, a najpewniej bezpośrednio po nim dobra te przeszły w ręce hrabiów Moszyńskich, którzy zamieszkiwali tu aż do 1944 r.
Była to rodzina sławna i ustosunkowana. Zapisała się również w pamięci jako dobrzy gospodarze. Łukasz Moszyński zbudował kaplicę Matki Bożej Szkaplerznej. Jego syn Ignacy Hilary wzniósł z kolei kaplicę św. Franciszka Ksawerego, a w roku 1818 odrestaurował kościół i dobudował doń wieżę, podwyższoną następnie staraniem księdza proboszcza Józefa Postka w roku 1886.
Na jednej ze ścian kaplicy św. Franciszka Ksawerego zobaczyć można ciekawy pomnik, przedstawiający niewiastę klęczącą przy trumnie. Pod spodem widnieje napis: „Zofia, córka Aleksandra Saryusz Romiszewskiego, kasztelana Sandeckiego (…) Urodzona z Teresy Firlejów Konarskiey (…) zeszła dnia 13 października 1812 roku”.
Zmarła była żoną Ignacego Hilarego Moszyńskiego, który wystawił jej taki właśnie monument.
Warto również zwrócić uwagę na inną tablicę - poświęconą pamięci hrabiego Łukasza Moszyńskiego. Z umieszczonego nań napisu wyczytać można, że przeniósł się on do wieczności 3 maja 1796 r., mając lat 73, zostawiając w smutku dzieci: syna Ignacego i córkę Eleonorę, żonę Jerzego Hubal-Dobrzańskiego. To z tych Dobrzańskich wywodził się major Henryk, którego działania bojowe zapisały się chlubną kartą na łamach historii walk z niemieckim okupantem.
W ołtarzu głównym kościoła widnieje obraz św. Mikołaja Biskupa, do którego matka przyniosła troje dzieci. Opatrzony jest on inicjałami S.M. Jego autorką była miejscowa dziedziczka, prawdopodobnie Stefania Moszyńska, żona Jerzego Moszyńskiego, który z kolei był wnukiem wspomnianego wyżej Ignacego.
Pod chórem znajdują się stalle z obrazami 12 Apostołów, z roku 1754.
Na przykościelnym cmentarzu stoi kamienny pomnik w kształcie krzyża byłego proboszcza parafii Łoniów ks. Hipolita Czapczyńskiego, dziekana koprzywnickiego, zmarłego 6 maja 1866 r., który wybudował do dziś istniejąca plebanię.
W gronie proboszczów parafii Łoniów niewątpliwie jedną z ciekawszych postaci jest ks. Ignacy Moszyński, pracujący tu w latach 1784-88. Był on synem Antoniny i Stanisława hrabiów Moszyńskich. Mając 16 lat, wstąpił do zakonu. Kształcił się w Rzymie, a na kapłana wyświęcony został w Ankonie. Był później rektorem lwowskiego kolegium, kanonikiem chełmskim i lwowskim, a pod koniec życia proboszczem w Łoniowie. Zmarł tutaj, mając 72 lata.