Przez wiele lat komuniści czechosłowaccy uważali go za zdrajcę, który jeszcze przed wojną dążył do rozpadu państwa i do przyłączenia Słowacji do Węgier, a w czasie wojny współpracował z Niemcami i separatystami słowackimi. Mimo że były dowody pomagania prześladowanym Żydom oraz Czechom i Słowakom, przeważał pogląd, że Esterházy bardziej szkodził niż pomagał Czechosłowacji. Ślady tamtych sporów i opinii dają o sobie znać jeszcze dzisiaj w rozbieżnościach ocen postawy tego polityka między historykami słowackimi (a także czeskimi) i węgierskimi. Ci pierwsi są zdecydowanymi przeciwnikami ewentualnej beatyfikacji obecnego sługi Bożego.

Strona węgierska podkreśla jego głęboko katolickie przekonania i wierność wartościom chrześcijańskim, co kazało mu upominać się i bronić uciskanych i prześladowanych, a do tego grona należeli Węgrzy w państwie czechosłowackim. Stanowili tam mniejszość i to nawet tam, gdzie przeważali liczebnie, ale formalnie byli traktowani jak mniejszość, a ich prawa były często łamane. Z pism i przemówień, jakie pozostały po Esterházym, przebija z jednej strony duma z przynależności do narodu węgierskiego i troska o zachowanie jego tożsamości etnicznej, religijnej, kulturalnej i innej, z drugiej zaś szacunek dla innych narodów, zwłaszcza sąsiednich i dążenie do wspólnego budowania przyszłości na zasadach chrześcijańskich.

Najwyższa prokuratura Federacji Rosyjskiej zrehabilitowała Esterházego 21 stycznia 1993 r. Wkrótce potem dyrektor Biura Dokumentacji Holokaustu w Wiedniu Simon Wiesenthal wezwał władze Słowacji do podjęcia podobnej decyzji. Zaapelowali o to także ministrowie spraw zagranicznych: Austrii – Alois Mock w 1999 i Węgier – János Mártonyi w 2001, ale rząd w Bratysławie dotychczas tego nie zrobił. W maju 2010 Instytut Yad Vashem w Jerzolimie wyraził „uznanie i wdzięczność” węgierskiemu politykowi za ratowanie Żydów w czasie wojny. W 2011 Liga Przeciwko Zniesławieniu (ADL) przyznała mu in memoriam odznaczenie „Za odwagę” za jego sprzeciw wobec słowackich ustaw wymierzonych w Żydów.

Władze polskie doceniły jego pomoc niesioną naszym rodakom w czasie II wojny światowej i 23 marca 2009 ówczesny prezydent Lech Kaczyński odznaczył pośmiertnie Jánosa Esterházego Krzyżem Komandorskim Orderu Odrodzenia Polski. 25 marca 2019 w Krakowie abp Marek Jędraszewski otworzył oficjalnie proces beatyfikacyjny tego węgierskiego męża stanu i katolickiego działacza społeczno-politycznego. A jego postulatorem jest polski franciszkanin o. Paweł Cebula. W czerwcu 2011 przed kościołem bł. Władysława z Gielniowa w Warszawie stanął pomnik Esterházego, a 1 maja 2013 w Szczawnicy odsłonięto tablicę ku jego czci.